2029年,日本因突然爆发的”Apocalypse Virus(启示录病毒)“的蔓延而陷入了混乱之中。处于无政府状态的日本,受到了由超国家之间所组织成的名为“GHQ”的组织的武力介入并接受其统治, 东京的六本木更成为被封锁的地区。之后又以名为“lost christmas(失落的圣诞)”的事件为契机,日本失去了独立国家的实质权力,并被赋予了表面上的自治权,由此人们开始享受短暂的和平。但也有人不满现状,葬仪社就是反抗组织之一。
时光流逝,10年后的2039年。少年樱满集——怀抱着抑郁的心境,并对世间冷眼相待——在天王州第一高校就读的高中二年生,与同学们保持着一定距离的同时,度过着闲散而又平静的日子。然而集安稳的日常在某一天突然宣告结束。那天放学后,在自己中意的老地方和一名受伤少女不期而遇。少女名为楪祈。她正是集所憧憬,并在网上有着巨大影响力的歌手黑羽歌姬。而她也有不为人知的一面。
祈正是由17岁青少年恙神涯所率领的“葬仪社”——一个在被封锁的城市中反抗“GHQ”,并在故事的基因病毒爆发的情况下,及其幕后操纵者的阻挠中为实现“日本的解放”而赌上性命不断孤独地战斗着的抵抗组织——的成员之一。集在祈与涯引导之下,与葬仪社而发生了关联。尔后因为情况紧迫激活虚空基 因组,他的右手上出现了“王之刻印”。通过刻印,集可以自在地从人的身体里抽取出名为“void(虚空)”的物质,并以借此为武器得到战斗的力量。(此种 兵器一旦过度使用 或 被毁,原属主人 就会 紫晶石化 碎裂消亡。动画里有展现) 至此,联接着集、祈、涯三个人的命运开始转动……